電子帳簿保存法とは｜フリーランスエンジニアが最低限やるべき対応【2026年版】

電子帳簿保存法とは

電子帳簿保存法とは、所得税法・法人税法上で保存が義務付けられている帳簿や書類を、紙ではなく電子データで保存するためのルールを定めた法律です。正式名称は「電子計算機を使用して作成する国税関係帳簿書類の保存方法等の特例に関する法律」。1998年の施行以来、何度も改正されてきました。

最新の制度は3つの保存区分に整理されており、フリーランスエンジニアに関係するのは主に3つ目の「電子取引データ保存」です。

3つの保存区分

参考：電子帳簿等保存制度特設サイト｜国税庁

「電子帳簿等保存」と「スキャナ保存」はあくまで任意制度であり、電子取引データ保存のような必須対応とは位置づけが異なります。一方、3つ目の「電子取引データ保存」は2024年1月1日から完全義務化されており、電子取引を行う事業者であれば、フリーランス・個人事業主・法人を問わず対象になります。

フリーランスエンジニアが必ず守るべきは「電子取引データ保存」

電子取引とは、注文書・契約書・領収書・請求書などの取引情報をデータでやり取りするすべての取引を指します。エンジニアが日常的に行う取引のほとんどがここに含まれます。

• AWS・Google Cloud・Azureなどクラウドサービスの利用明細

• GitHub Copilot・JetBrains・Notionなどサブスクの請求書

• フリーランスエージェントが発行する支払明細（マイページからダウンロード）

• 取引先からメールで届くPDF請求書・領収書

• AmazonやヨドバシなどECサイトの注文履歴・領収書

これらは2024年以降、原則として「紙に印刷して保存」だけでは足りず、データのまま要件を満たす形で保存する必要があります（猶予措置の取り扱いは後述）。

ミニFAQ：紙で受け取った領収書は電子化しないといけませんか？

いいえ、紙で受け取ったものはそのまま紙で保存して問題ありません。義務化されているのは「電子で受け取ったデータの電子保存」だけです。

電子取引データ保存の要件と検索要件の免除

電子取引データ保存では「真実性の確保」と「可視性の確保」の2つを満たす必要があります。条件で対応が大きく変わるため、要件を分けて整理します。

真実性の確保

データが改ざんされていないことを担保するための要件で、以下4つのうちいずれか1つを満たせば足ります。

多くのフリーランスエンジニアにとって現実的なのは「事務処理規程の備え付け」です。国税庁が個人事業者向けのサンプルを公開しており、ダウンロードして氏名と日付を埋めれば運用を始められます。

参考：電子帳簿保存法一問一答【電子取引関係】（令和8年7月）｜国税庁

可視性の確保

保存したデータを税務調査の際に確認できる状態にしておくための要件です。

• 保存場所にディスプレイ・プリンタ・操作マニュアルを備え付ける

• データを画面・書面に整然とした形式で出力できる

• 一定の検索機能を確保する

ここで身構える必要はありません。国税庁の一問一答では、プリンタを常設していない場合でも、近隣の有料プリンタ等で税務職員の求めに応じて速やかに出力できれば、それだけを理由に要件違反とは扱わないとされています。書面への出力も、整然とした形式で明瞭であれば画面印刷（ハードコピー）で足ります。

難しいのは検索機能の確保ですが、これは次に説明する免除ルールが用意されています。

検索要件の免除ルール

検索機能としてもともと求められるのは以下の3つです。

• 取引年月日・取引金額・取引先で検索できる

• 日付や金額は範囲指定検索ができる

• 2つ以上の項目を組み合わせて検索できる

ただし、検索要件には広い免除ルールがあります。免除の入口は2つあり、売上規模だけで決まるわけではありません。

売上5,000万円以下という数字が有名ですが、それを超えても書面整理のルートが残っています。「売上が伸びた瞬間に検索システムが必須になる」わけではないという点は、押さえておく価値があります。

なお、免除されるのは検索機能の確保だけです。電子データを保存する義務そのものと、税務調査でダウンロードに応じる必要は残ります。

なお、5,000万円という基準は令和5年度税制改正で拡大されたものです。改正前（令和5年12月31日までの電子取引）は1,000万円以下が基準でした。

参考：電子帳簿保存法の内容が改正されました（令和5年度税制改正）｜国税庁

検索機能を確保する場合の3つの現実解

免除に該当しない場合でも、専用システムは必須ではありません。国税庁の一問一答では、次の方法で要件を満たしうると示されています。

1. Excelで索引簿を作る：取引年月日・取引金額・取引先を入力した一覧表を作り、表計算ソフトの機能で範囲指定・組み合わせ検索ができる状態にする

2. ファイル名を統一した順序で付ける：「取引年月日」「取引金額」「取引先」を含め、順序を統一して入力する

3. 取引先ごとにフォルダを分ける：フォルダで取引先を区分し、ファイル名には日付と金額を入れる

ここで見落としやすいのが2番の「統一した順序」です。ある月は「日付_取引先_金額」、別の月は「取引先_日付」といった付け方をしていると、検索条件として機能しません。最初にルールを1つ決めて、そこから変えないのが実務のコツです。

索引簿の作成例は、国税庁が参考資料（各種規程等のサンプル）でExcelファイルとして配布しています。

ミニFAQ：タイムスタンプを契約しないと違反になりますか？

いいえ、なりません。事務処理規程を備え付ければ真実性の要件は満たせます。タイムスタンプは選択肢の1つにすぎません。

フリーランスエンジニアが対応すべき4つのステップ

ここまでの要件を踏まえ、エンジニアが実際にやることを4段階で整理します。

ステップ1：対象となる電子取引を洗い出す

普段の取引のうち、どれが電子取引に該当するかを棚卸しします。

• 報酬の支払明細：エージェントのマイページからダウンロードしているもの

• クラウド利用料：AWS・GCP・Azureのコンソールから発行されるInvoice

• 業務サブスク：GitHub Copilot・JetBrains・Figma・Notionなど

• 機材購入：Amazon・楽天・ヨドバシなどECサイトの領収書

• 通信費：自宅回線・モバイル回線のWeb明細

• 銀行・カードの取引明細：Web上でダウンロードした明細

紙で受け取ったものは対象外なので、紙のままファイリングして問題ありません。

洗い出しに使えるのが、国税庁の電子取引データ保存要件チェックシート（令和6年11月）です。改ざん防止・備付け・検索の3項目をYes/Noで追える1枚もので、自分の運用に穴がないかを確認できます。

ステップ2：保存場所とフォルダ構造を決める

電子取引データは1か所に集約しておくと税務調査時の対応がスムーズです。

• 保存場所の例：PCローカル＋クラウド（Google Drive・Dropbox・OneDriveなど）の二重保存

• フォルダ構造の例：「電帳法／2026年／04月／受領／○○商事_55000.pdf」

• ファイル名の例：「日付_取引先_金額.pdf」のように、順序を固定して後から探せる名前にする

保存期間は所得税法上、原則7年間（青色申告で欠損金繰越控除を使う場合は10年間）です。

ステップ3：事務処理規程を整える

国税庁が個人事業者向けのサンプル（電子取引データの訂正及び削除の防止に関する事務処理規程）を参考資料のページでWordファイルとして公開しています。

構えるほどの分量ではありません。個人事業者向けのサンプルはA4半ページほどで、条文は「訂正削除の原則禁止」と「やむを得ず訂正削除する場合の手続」の2本だけ。埋めるのは氏名と施行日程度で、国税庁のサンプルをそのまま使う前提なら初回作成は短時間で済むことが多いです。

訂正・削除を行う場合に記録する項目は8つです。

ポイントは「ルールを作って、それに従って運用する」点です。厳格なシステム導入までは不要ですが、規程を備え付けるだけでなく、規程に沿った継続運用が前提になります。

ステップ4：会計ソフトの設定を見直す（任意）

freee・マネーフォワードクラウド・弥生などのクラウド会計ソフトを使っている場合、電子取引データを直接アップロードして仕訳と紐付ける機能があります。確定申告の手間を減らす意味でも、ステップ1で洗い出したデータを会計ソフトに集約する運用が便利です。

ただし、会計ソフトの電子帳簿保存機能を使わなくても、ステップ1〜3の運用で電帳法の義務は果たせます。

ミニFAQ：事務処理規程を作らずに電子データを保存していたら、ただちに違反ですか？

ただちに違反というよりは、要件を満たしていない保存になります。税務調査で保存不備が重く見られた場合は、青色申告承認取消などにつながる可能性があります。早めに規程を整備するのが安全です。

デジタルシームレス保存と青色申告特別控除75万円（令和9年分以後）

ここは2026年時点で最も見落とされやすい変更点です。

令和7年度税制改正で「デジタルシームレス保存」という制度が新設され、あわせて青色申告特別控除が65万円から75万円へ引き上げられました。 適用されるのは令和9年分以後の所得税です（電子帳簿等保存制度を活用して、デジタル化をさらに進めてみませんか？（令和8年6月）｜国税庁）。

デジタルシームレス保存とは何か

デジタルシームレス保存とは、請求書等の電子取引データを自動で保存し、帳簿に自動連携する仕組みを指します。人手の入力を挟まないことで、記帳の正確性を担保するという考え方です。

対象になるのは、国税庁長官が定める基準に適合したシステムを使って授受・保存した次のデータです。

• デジタル庁が管理する仕様に従って送受信されたデジタルインボイス（Standard Invoice JP PINT、JP Self-Billing）

• 金融機関等の預貯金口座における決済データ

満たすべき要件は3つ。訂正削除の履歴が残る（または訂正削除できない）システムで送受信・保存すること、電子取引データの金額を訂正削除したうえで帳簿に記録できない仕組みであること、電子取引データと電子帳簿の相互関連性を確認できるようにしておくことです。

65万円と75万円で条件がどう変わるか

ここが実務上いちばん重要な差分です。

つまり、いまe-Taxで申告するだけで65万円控除を受けているフリーランスは、そのままでは75万円にはなりません。 優良な電子帳簿かデジタルシームレス保存のどちらかを追加で満たす必要があります。

一方で、すでに優良な電子帳簿で65万円控除を受けている人は、国税庁のパンフレットによれば改めて届出書を提出しなくても75万円の適用を受けられるとされています。

手続きと期限

届出書は「電子取引の取引情報に係る電磁的記録に係る重加算税の加重措置の不適用の特例及び75万円の青色申告特別控除（個人事業者）の適用を受ける旨の届出書」という長い名前で、国税庁の届出等の様式から入手できます。

• 提出期限：適用を受けようとする年分の法定申告期限までとされています（国税庁のパンフレットでは、令和8年分の優遇措置を受ける場合に令和9年3月15日までと例示）。最新の様式・期限は国税庁の届出ページで確認してください

• 提出方法：e-TaxにPDFを組み込んで送信、または書面で提出

• 75万円控除を受ける場合は、所得税の青色申告承認申請も別途必要

システム選びで迷う場合は、JIIMA（日本文書情報マネジメント協会）の認証を受けたソフト（デジタルシームレスソフト／電子帳簿ソフト）が機能要件を満たしているとされています。

なお、デジタルシームレス保存には重加算税の10%加重措置から除外されるという効果もあります（令和9年1月1日以後に法定申告期限が到来する国税について適用）。

ミニFAQ：いますぐ対応しないと損をしますか？

控除額の引き上げは令和9年分以後の所得税に対する話です。2026年の時点で焦って乗り換える必要はありません。ただし届出が前提の制度なので、会計ソフトの更新やインボイスの受け取り方を見直すタイミングで、対応ソフトかどうかを確認しておくと動きやすくなります。

フリーランスエンジニアに特有の取引と対応例

エンジニアの取引は他職種と比べてペーパーレスで完結するものが多く、電子取引の比率が極めて高いという特徴があります。代表例を整理しました。

エージェント経由の支払明細

フリーランスエージェント（フリコンなど）から月次で発行される支払明細は、マイページからPDFをダウンロードする形が一般的です。

• 推奨運用：明細が発行されたタイミングでダウンロード→「2026年04月_エージェント名.pdf」のように保存

• 注意点：マイページの保存期間が限られている場合があり、サービス側のサーバに置いたままでは自分で継続的に閲覧・提示・保存管理できる状態とは言いにくいため、手元または管理可能な保存先への保存が無難です

月次で発生する作業なので、報酬の入金日と同じ日に明細をダウンロードするというルールにしてしまうのが確実です。年12回、1回あたり数分で終わります。

エージェント経由の取引については、契約・報酬の流れもあわせてフリーランスエンジニアのスキルシートの書き方やエージェントとの面談の内容と必要な準備で整理しておくと、保存対象が把握しやすくなります。

クラウド・サブスクの利用明細

AWS・GCP・Azureなどのクラウド請求書、GitHub・JetBrains・Cursorなどのサブスク領収書は典型的な電子取引です。

• 多くは月次でメール通知＋管理画面からPDFダウンロードの形式

• 海外通貨で請求されるサービスは、為替レートと税区分（消費税の課税／不課税）の整理が必要

• フリーランスエンジニアが経費にできるもの一覧で経費区分と合わせて確認すると保存後の処理が楽になる

外注先・委託先への支払い

エンジニアが他のフリーランスに外注したり、デザイナーに依頼したりするケースでは、自分が「受け取った請求書」を保存する必要があります。請求書をメールPDFやChatworkで受領した場合は電子取引です。

請求書の発行側の話は別記事で扱っているため、フリーランスエンジニアの請求書の書き方も参照してください。

銀行・クレジットカードの明細

ネットバンキングやクレジットカードのWeb明細は、月次でダウンロードして保存するのが基本です。郵送で届く紙明細を選択している場合は紙保存で問題ありません。

インボイス制度との関係

電帳法とインボイス制度（適格請求書等保存方式）はそれぞれ別の制度ですが、保存義務という点で連動します。インボイスの保存要件もあわせて【インボイスとは？】フリーランスエンジニアが知るべきポイントと対策で確認してください。

デジタルシームレス保存の対象がデジタルインボイス（Peppol）である以上、今後はインボイスの受け取り方そのものが控除額に効いてくる可能性があります。

会計ソフトを使った現実的な対応

クラウド会計ソフトは電帳法対応の機能を備えており、ステップ1〜4の運用を1つにまとめられます。エンジニアが選びやすい3つを整理します。

※料金は変動するため、最新プラン・金額は各社公式サイト（freee／マネーフォワード／弥生）で必ず確認してください。

電帳法対応機能の範囲はプランや契約時点で異なる場合があります。保存機能・検索機能・電子帳簿対応の有無は、導入前に各社公式で確認してください。

参考：電子帳簿保存法の概要・手続について（freee）

将来的に75万円控除を狙うなら、選定時に「優良な電子帳簿に対応しているか」「デジタルシームレスソフトの認証を受けているか」を確認しておくと、後から乗り換える手間が減ります。控除の詳細は青色申告と白色申告の違いで整理しています。

ケース別解説：自分はどう対応すべきか

専業フリーランスエンジニア（小規模で運用している場合）

• 基準期間の売上が5,000万円以下であれば、検索要件は免除対象

• 事務処理規程＋フォルダ分け保存で要件を満たせる

• 会計ソフトを使うなら、ファイルアップロード機能で完結

• 確定申告との連動を意識し、フリーランスエンジニアの確定申告を踏まえて運用設計するのが効率的

副業エンジニア

• 副業の収入と本業の給与は別で管理。副業分のみ電帳法の対象

• メール添付PDFやサブスク領収書を専用フォルダで保存しておく

• 雑所得か事業所得かで保存義務の重さが変わるという誤解が多いが、電帳法は所得区分にかかわらず適用される

• 副業全体の整理は副業エンジニアの確定申告を参照

開業初年度のエンジニア

• 開業後に事業として電子取引を行うなら、その時点からデータは保存対象になる

• 開業前の支出（開業費）も電子で受け取った領収書は対象になる

• 最初に保存ルールを決めておくと、後から遡って整理する手間が省ける

• 開業手続きはフリーランスエンジニアのための開業届ガイドを参照

売上1,000万円超〜5,000万円以下のエンジニア

• 令和5年度改正で5,000万円以下まで検索要件免除の対象が拡大

• 「ダウンロードの求めに応じる」前提を満たしていれば、検索要件免除を引き続き使える

• ただし基準期間（前々年）の売上で判定するため、年によって免除可否が変動する点に注意

売上5,000万円超のエンジニア（法人化検討層）

• 売上基準による免除の対象外。ただし出力書面を日付・取引先ごとに整理して提示できるなら、検索要件は不要

• 書面整理での対応が難しい場合は、会計ソフトの電子取引機能でファイル名と検索インデックスを自動付与するのが現実的

• 法人化の判断と合わせて検討すると経理体制を整理しやすい。詳細はフリーランスエンジニアの法人化で確認

違反時のリスクと猶予措置

違反した場合の主なリスク

ただし、実際の取扱いは保存不備の内容や申告全体の状況によって異なり、直ちに一律で適用されるものではありません。個別事情によって対応は変わるため、保存不備がある場合は早めに是正しておくのが安全です。最低限の運用を整えておけば、税務調査でも落ち着いて対応できます。

新しい猶予措置（2024年1月以降）

2024年1月の義務化と同時に、新しい「猶予措置」が用意されました。

• 対象：相当の理由（システム整備が間に合わない、人的・資金的余裕がない等）があると認められる事業者

• 要件1：税務調査でデータのダウンロードの求めに応じられる

• 要件2：出力した書面の提示・提出の求めに応じられる

• 特徴：要件を満たしていれば、検索要件や真実性確保の措置を講じていなくても認められる

「相当の理由」に該当するかは個別判断であり、最終的には所轄税務署長が判断します。事前の届け出は不要ですが、一般的な恒久対応として前提にするより、例外的な救済措置として理解するのが安全です。

ここで誤解が多いのが、猶予措置は「紙保存でよい」という制度ではないという点です。国税庁の一問一答でも、電子データの保存に代えて出力書面で保存することは認められないと明示されています。

なお、2023年12月末まで適用されていた「宥恕措置」とは別の制度です。宥恕措置は2023年末で完全に終了しています。

ミニFAQ：猶予措置を受けるための申請書類はありますか？

申請や届出は不要です。税務調査で「相当の理由」が認められれば適用されます。ただし、データの保存自体は省略できません。

よくある失敗と対策

失敗1：メール添付PDFを印刷して、原本データを削除してしまう

電子で受け取ったデータは電子のまま保存することが原則です。印刷した紙は補助的なメモにとどめ、元データは必ず保存してください。

失敗2：マイページでの確認だけで満足してしまう

エージェントやクラウドサービスのマイページに支払明細が表示されていても、サービス側のサーバに置いたままでは要件を満たすと判断しにくい場合があります。月次でダウンロードして、自分で管理できる保存先に移す運用が安全です。

失敗3：事務処理規程を作らず、タイムスタンプもなしで運用してしまう

真実性の確保にはいずれかの方法が必要です。最も簡単なのは事務処理規程の備え付け。国税庁のサンプルをダウンロードして整えるだけなので、最初に必ず対応してください。

失敗4：検索要件の免除を「売上1,000万円まで」と覚えている

令和5年度改正で5,000万円以下まで拡大されました。さらに、出力書面を日付・取引先ごとに整理できていれば、売上規模にかかわらず検索要件は不要です。古い情報のまま検索システムを探し始めると、不要なコストがかかります。

失敗5：紙の領収書まで電子化しなければと思い込む

スキャナ保存は任意制度です。紙のまま保存して問題ないため、無理にペーパーレス化する必要はありません。

失敗6：ファイル名の付け方が月によって変わる

検索要件をファイル名で満たす場合、日付・金額・取引先の並び順を統一しておく必要があります。途中でルールを変えると、検索条件として機能しなくなります。

まとめ

電子帳簿保存法は、エンジニアの実務面で押さえるべきポイントが意外と少ない制度です。要点を1つに絞ると、電子で受け取った請求書・領収書・支払明細などを電子のまま保存し、無料の事務処理規程を備え付けて運用する——多くのフリーランスにとって、まずはこの対応が実務上の中核になります。

最後に要点を整理します。

• 「電子取引データ保存」が必須対応。電子帳簿等保存・スキャナ保存は任意制度

• 真実性は事務処理規程の備え付け＋規程に沿った運用で対応可能（タイムスタンプは必須ではない）

• 検索要件の免除は2ルート。売上5,000万円以下、または出力書面を日付・取引先ごとに整理して提示できること

• 免除に該当しない場合も、Excel索引簿かファイル名の統一で満たせる

• 違反した場合は青色申告承認取消などのリスクがある。保存状況や調査対応次第で扱いが変わる

• 「相当の理由」があれば猶予措置を利用できる場合がある。データ保存自体は省略不可

• 青色申告特別控除は令和9年分以後、条件を満たせば75万円。届出が前提になる

次のアクションとしては、まず国税庁の事務処理規程サンプルをダウンロードし、保存先フォルダを作るところから始めてください。会計ソフトを既に使っている場合は、電子取引データのアップロード機能を有効にすると運用が一気に楽になります。

なお、税務・法令の詳細判断や個別事情への適用については、必要に応じて税理士への相談を検討してください。最新の制度改正は国税庁の電子帳簿等保存制度特設サイトで随時公開されています。

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確定申告全体の流れや経費の整理は、次の記事もあわせて参考にしてください。

• フリーランスエンジニアの確定申告｜やり方・必要書類・期限をわかりやすく解説

• フリーランスエンジニアが経費にできるもの一覧

• フリーランスエンジニアの請求書の書き方

• 青色申告と白色申告の違い

• 【インボイスとは？】フリーランスエンジニアが知るべきポイントと対策